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生体分子機能学  [Biomolecular Functions]

開講情報
4年次 後期 薬科学科:1.5単位 必修
担当教員
准教授 井上 晴嗣    
備考
授業の目的と概要
  ヒトの遺伝子が解読されて以来、膨大なデータを解析するため、バイオインフォマティクス(生物情報学)の重要性が注目されている。生体分子機能学では、生体分子の機能や構造に関する情報を活用するための手段として、バイオインフォマティクスの基本的な知識を学ぶ。また、遺伝子の配列・機能解析、タンパク質解析、プロテオミクス、文献検索など、医薬品の開発や研究に活用するためのツールの使い方を学ぶ。
●一般目標(GIO)
 医薬品の開発や研究に必要な生体分子の構造や機能に関して、それらの情報や解析などに関する基本的知識を修得し、それらを活用するための基本的技能と態度を身につける。
授業の方法
コンピューターとインターネット上のデータベースを利用した演習形式で行います。
●準備学習や授業に対する心構え
予習や復習のため、インターネットに接続できるコンピューターが必要です。課題を達成するための方法は一つだけではないことに注意して下さい。
●オフィス・アワー 
講義や会議等で不在の場合以外は随時、B棟5階 生化学研究室にて。
成績評価法
課題レポートと出席を考慮して評価します。
参考書
書名 著者名 出版社名
『バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法』 中村保一、石川 淳、磯合 敦、平川美夏、坊農秀雅 (編集) 羊土社
授業計画
項目 授業内容
1 バイオインフォマティクス概要 バイオインフォマティクスとはどのような学問か説明できる。
2 文献データベースの検索 医学・薬学文献データベースを検索し、必要な文献を調べることができる。
3 ゲノム・核酸配列解析(1) BLASTによる配列の比較とその意味について説明できる。
4 ゲノム・核酸配列解析(2) 真核生物のゲノムに含まれる遺伝子を検索、閲覧できる。
5 タンパク質配列解析(1) タンパク質のアミノ酸配列から、ファミリー、ドメイン、モチーフが検索できる。
6 タンパク質配列解析(2) タンパク質のアミノ酸配列から、局在部位、膜貫通部位、二次構造が予測できる。
7 タンパク質配列解析(3) タンパク質の高次構造データベースから立体構造データを取得し、表示することができる。
8 発現プロファイル 任意の遺伝子について、その組織や培養細胞での発現プロファイルを調べられる。
9 パスウェイ解析 発現プロファイルなどの網羅的なデータから関連するパスウェイを抽出できる。
10 プロテオミクス ペプチドマスフィンガープリント(PMF)の原理を理解し、PMFを用いたタンパク質の同定ができる。
11 試薬・化合物データベース 化合物を名前や、構造式、分子量、生物活性などで検索できる。
12 バイオリソースデータベース 研究に用いる生物材料や培養細胞についての情報やその入手方法について検索できる。
13 まとめ これまで学んだ技能を用いて、与えられた課題を達成することができる。
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